일 시 | 2022년 11월 25일(금), 11월 28일(월) - 30일(수)
장 소 | 서울의대 교육관 117호                                                                            등록 바로가기

주 관 | 서울의대 정보의학실, 한국보건복지인력개발원, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC)
주 최 | 서울대학교병원 유전체 임상 정보분석 훈련센터

  
  

강좌 일정   

         강좌일정은 주최측의 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

DAY 1: Advanced NGS Data Analysis

           11월 25일(금)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

Epigenome Data Analysis
- Epigenetic Mechanisms
- DNA Methylation Analysis
- Histone Modification Analysis
- Discovery of Epigenetic Biomarkers

  정제균 교수
(차의대)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: ENCODE and UCSC Genome Browser
          Methylation data & Histone modification data
          Chip-Seq data Analysis for regulatory SNP

최선 (6장)

12:00 ~ 13:00

  중  식

13:00 ~ 13:50

Pathway and Network Analysis
- Characteristics of Biological Network
- Cancer Gene Network Construction and Clustering
- Identification of Aberrant Pathway in Cancers

한현욱 교수
(차의대)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: Statistical tests for association
         Rare variant association tests (Burden tests, SKAT, SKAT-O)
         HLA imputation

조원일 (25장)

15:40 ~ 16:30

Multiomics and Precision Medicine
- Genome, Transcriptome, and Proteom Integration
- miRNA and Exosome Analysis
- Application for Precision Medicine

류성호 교수
(순천향대학교)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Genomics Characterization of Human Cancer Cell Lines
          Gene expression in human cancer cell line
          Comparing Drug sensitivity by cell lines
          Drug-gene databases

부은경 (7장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리


DAY 2: Methodology and Application for Next Generation Sequencing

           11월 28일(월)

시간

   주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

NGS Platforms and Applications
- Current NGS Platforms
- NGS Data Formats
- NGS Data Analysis Technologies
- NGS Applications

인용호 박사
(싸이퍼롬)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: NGS Data Formats
          NGS Data Format Converting
          NGS Visualization Tools

이시은 (9장)

12:00 ~ 13:00

   중  식

13:00 ~ 13:50

NGS Data Analysis
- Sequence Alignment Algorithms
- Whole Genome and Exome Data Analysis
- Variation Detection and Reference Genome

최무림 교수
(서울의대)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: Sequence Variant Calling and Annotation
           Exome Sequencing Alignment
           SNP, INDEL Identification and Filtering

윤미선 (10장)

15:40 ~ 16:30

Informatics for Cancer immunotherapy
- Genomics in cancer immunotherapy
- Tumor mutation burden(TMD) and neoantigen
- Gene expression and immune cells

 장현 교수
(카톨릭관동의대)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Informatics for Cancer immunotherapy
           Variant annotation by VEP
           Neoantigen Prediction
           Identification of marker for immune cells

임영균 (17장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리

 

DAY 3: Cancer Genome and Multi-omic Bioinformatics

           11월 29일(화)

시간

   주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

The Cancer Genome Atlas (TCGA) Project and Cancer Genome Research
- TCGA Introduction
- TCGA Data and Scientific Findings
- Impact of TCGA and Future

홍동완 교수
(카톨릭의대)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: Cancer Somatic Mutation Analysis
          Somatic Variant Detection
          Survival Analysis
          Resources for Cancer Research

전예진 (13,14장)

12:00 ~ 13:00

   중  식

13:00 ~ 13:50

Advanced Cancer Genome Data Analysis
- Different types of variation in cancer
- Matched normal and tumor pair data analysis
- Cancer clonality and sequencing depth
- Visualizing cancer genomics data

이수연 교수
(아주대)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: Genomic Rearrangement, CNV, and Mutual exclusivity
           Mutual exclusivity and coverage
           Visualization of cancer study

유준기 (16장)

15:40 ~ 16:30

Exome Sequencing Analysis
- Exome Sequencing Data
- Study Design and Workflow
- Exome Sequencing of Familial Disease

이우승 박사
(서울의대)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Annotating Functional Effect of Sequence Variants
           Introduction to ANNOVAR
           Use of GENECODE, Ensembl, BioMart, etc

배소정 (11장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리

 

DAY 4: RNA-Seq and Transcriptome Data Analysis

           11월 30일(수)

시간

   주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

RNA-Seq Data Analysis
- Read Alignment Methods
- Expression Quantification Strategy
- Differentially Expressed Genes Identification

김기태 교수
(서울대)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: RNA-Seq Transcriptome Basic Data Analysis
         Old Tuxedo Pipeline(tophat, cufflinks)
         New Tuxedo Pipeline(hisat2, stringtie)
         DEG analysis

권호식 (20장)

12:00 ~ 13:00

   중  식

13:00 ~ 13:50

Sequence-level Transcriptome Analysis
- Alternative Splicing Events
- Alternative Polyadenylation Analysis
- RNA Editing Analysis

박지연 박사
(카톨릭의대)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: Alternative Splicing Identification
          RNA-DNA Difference (RDD) Analysis
          RNA Editing Site Annotation

조민아 (21장)

15:40 ~ 16:30

Non-coding RNA Analysis
- miRNA-seq Expression Profile Analysis
- Novel Transcript Discovery
- Non-coding RNA Characterization

이영희 교수
(서울대)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Micro-RNA and non-coding RNA Data Analysis
           RNA-Seq Gene Expression Analysis
           miRNA Sequencing Data Process
           miRNA Expression Profiling

안세환 (22장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리

 

등 록

등록인원 : 하루 강좌 당 33명 내외

참 가 비 : 하루 강좌 당 참가비

등록방법 : http://www.snubi.org/workshop/the22ndgda/registration.html

 

 

11월 11일 이전

11월 12일 이후

공공/대학/정부

100,000

120,000

일반(기업등)

120,000

160,000

 

* 한 사람이 3개의 강좌까지 선택 수강 가능

교재는 각자 구매를 해 오셔야 하며, 교재명은 범문에듀케이션 간 유전체 데이터 분석 II편 - NGS편 입니다.
강의대상: 대규모 유전체 데이터 분석과 응용에 관심 있는 BT, IT, 혹은 의학 분야 전공자
환불규정: 11월 11일 이전 취소: 전액 반환
              11월 12일 ~ 11월 24일 취소: 50% 환불
              11월 25일 이후: 환불 불가
등록 신청 후 3일 (공휴일, 주말 제외) 이내에 아래의 계좌로 입금해 주십시오.
       신한은행: 100-030-071195 예금주: 한국정보의학인증의관리위원회

준비사항

실습을 위한 참가자 전원 개인 노트북 컴퓨터 준비(최소 쿼드코어 이상 CPU, RAM 16GB 이상이여야 원할한 진행 가능)
R (http://www.r-project.org/), Bioconductor(http://www.bioconductor.org/)
실습실 환경 상 인터넷이 느릴수 있으므로, 강의 1주일 전 안내되는 필요 파일을 필히 다운로드 부탁드립니다.

 

오시는 길

교육장소 | 서울대학교 의과대학 교육관 117호, 서울시 종로구 대학로 103  

교      통 | 지하철 4호선 혜화역 3번 출구