일 시 | 2017년 2월 20일(월)- 24일(금)
장 소 | 서울의대 동창회관 3층 가천홀                                                                           

주 관 | 서울의대 정보의학실, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC)
주 최 | 서울대학교병원 유전체 임상 정보분석 훈련센터

제12차 Genome Data Analysis Workshop을 개최하며

안녕하십니까? 

벌써 12회를 맞이한 GDA 웍샵의 개최를 자축합니다! 그간의 뜨거운 성원과 격려에 깊이 감사드립니다. 본 GDA 웍샵의 실습자료를 묶어 발간한 ‘유전체 데이터 분석’의 2판이 발간되었을 뿐 아니라, 2017년에는 Springer사에서 영문번역본을 출간할 예정입니다. 아마도 제목은 Genome Data Analysis가 될 것 같습니다. 유전체 데이터 분석이 주요 주제가 된 시점에 작지 않은 성과로 기대됩니다.

차세대 염기서열 분석 (Next Generation Sequencing) 데이터의 급증과 함께 각 의료기관의 임상 의료정보의 통합적 관점이 점점 더 중요해지고 있습니다. 2017년은 정밀의학의 원년이 될것으로 기대됩니다. 실험 연구 자료 분석 뿐 아니라, 임상에서의 문제 해결에 도움이 되기 위해서, 서울대학교 유전체 정보의학 교육훈련센터에서는 2017년 동계 방학을 맞아 초보자도 접근할수 있는 실용적인 유전체 데이터 분석의 기초적 지식과 기초적 연구 뿐 아니라 실제 임상 및 산업에 응용 가능한 내용으로 이론과 실습을 병행하는 GDA 2017 웍샵을 개최하오니, 모쪼록 웍샵을 통해 실용적인 유전체 정보 분석의 역략을 강화하는 기회가 되시기를 기대하며 많은 관심과 참여를 부탁드립니다.

2017 년 2월, 서울대학교병원 유전체 정보의학 교육훈련센터장  김 주 한
 

  제1차 GDA Workshop: 2011년 8월 22일~26일, 서울의대

  제2차 GDA Workshop: 2012년 2월 20일~24일, 서울의대
  제2차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 3개가 추가 되었다.
  
(1) micro-RNA 데이터 분석
   (2) 개인유전체 해석: Personal Genome Interpretation
   (3) 암유전체/희귀질환유전체 데이터 분석

  제3차 GDA Workshop: 2012년 8월 20일~24일, 서울의대
   제3차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가되었다.
 
(1) Family-based 엑솜시퀀싱 분석
  (2) TCGA (The Cancer Genome Atlas) 데이터 분석

   제4차 GDA Workshop: 2013년 2월 18일~22일, 서울의대
    제4차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가되었다.
 
(1) eQTL 데이터 분석
  (2) PheWAS & EWAS 데이터 분석

  제5차 GDA Workshop: 2013년 8월 26일~30일, 서울의대
  제5차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 3개가 추가 되었다.
  
(1) 시퀀스 레벨 전사체 분석: Isoforms, Alternative Splicing, RNA-editing, and Fusion Gene
   (2) 개인유전체 해석을 위한 지식/데이터기반 자원 소개와 유전적 위험 예측 분석
   (3) Post-GWAS: EMR 데이터와 질병 연관 분석

  제6차 GDA Workshop: 2014년 2월 24일~28일, 서울의대
  제6차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) Human Genome Data Analysis using ENCODE
   (2) Cancer Genome Data Analysis using TCGA

  제7차 GDA Workshop: 2014년 8월 25일~29일, 서울의대
  제7차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) Functional Annotation of Sequence Variants
   (2) Expression Profiling and Alleleic Status using TCGA RNA-seq Data

  제8차 GDA Workshop: 2015년 2월 23일~27일, 서울의대
  제8차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 1개가 추가 되었다.
  
(1) The Final Release of the 1000 Genomes Project Data (2,504 samples) Usage

  제9차 GDA Workshop: 2015년 8월 24일~28일, 서울의대
  제9차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) Rare, common and disease variant interpretation
   (2) Clinical applications of Genetics and Genomics

  제10차 GDA Workshop: 2016년 2월 22일~26일, 서울의대
  제10차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) The Dominant Regulatory microRNAs and Epigenetic Modulators
   (2) Genomic Understanding of Common and Complex Diseases

  제11차 GDA Workshop: 2016년 8월 22일~26일, 서울의대
  제11차 웍샵에서는 다음과 같은 실습모듈이 추가될 예정이다.
  
(1) Advanced methods and algorithms for genetic and genomic data analysis
   (2) Alternative Splicing and Polyadenylation Analysis

  제12차 웍샵에서는 다음과 같은 실습모듈이 추가될 예정이다.
  
(1) Somatic mutation/CNV detection and Mutual exclusivity and coverage
   (2) Statistical tests for rare variant association

유전체 데이터 분석
실습서 "유전체 데이터 분석" 출간

강좌 일정   

         강좌일정은 주최측의 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

DAY 1: Translational Bioinformatics: Public Bio Big Data

          2월 20일(월)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

Translational Bioinformatics: Public Bio Big Data

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

TCGA Project and Cancer Genome Research
- TCGA Introduction
- TCGA Data and Scientific Findings
- Impact of TCGA and Future

 김태민 교수
(카톨릭의대)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: TCGA Somatic Mutation Landscape
          Find Significantly Mutated Genes
          Identify Driver Groups of Mutations

이우승, 임영균

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

The 1000 Genomes Project and Human Genome Diversity
- 1000 Genome Samples and Populations
- Mutation Frequencies in Diverse Populations
- 1KP Transcriptomes and Functional Variation

이계화 박사
(서울의대)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: The 1000 Genomes Project Browser
          Allele Frequency and Genotypic Frequency Calculation
          Identification of Rare and Deleterious Mutations

박유미, 김주연

15:40 ~ 16:30

The Dominant Regulatory microRNAs and Epigenetic Modulators
- Translational Research
- Oncogenomics
- Epigenetic Regulation

남석우 교수
(카톨릭의대)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: ENCODE Data at UCSC Genome Browser
           DNA Mutations in Genome Level
           Functional Methylation/Histone Modification in Epigenetic Level
           Epigenetic Regulation of Gene Expression
 

윤선민, 김기태



DAY 2: Methodology and Application for Next Generation Sequencing

           2월 21일(화)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

Methodology and Application for Next Generation Sequencing

김주한 교수

9:50 ~ 10:40

NGS Platforms and Applications
- Current NGS Platforms
- NGS Data Formats
- NGS Data Analysis Technologies
- NGS Applications

서희원 연구원
(서울의대)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: NGS Data Processing
          NGS Data Format Converting
          NGS Visualization Tools

서희원, 류영재

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

NGS Data Analysis
- Sequence Alignment Algorithms
- Whole Genome and Exome Data Analysis
- Variation Detection and Reference Genome

최무림 교수
(서울의대)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: Exome Sequencing Alignment
           SNP and Indel Identification
           Variation Filtering

박찬희, 김주연

15:40 ~ 16:30

Advanced NGS Data Analysis
- Different types of variation in cancer
- Matched normal and tumor pair data analysis
- Cancer clonality and sequencing depth
- Visualizaing cancer genomics data

 김상우 교수
(연세의대)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: Somatic mutation/CNV detection
           Read depth, quailty and coverage
           Mutual exclusivity and coverage
           Lollipop and CIRCOS plot for visualization

김기태, 임영균

 

DAY 3: NGS-based Rare and Common Disease Variant Analysis

          2월 22일(수)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

NGS-based Rare and Common Disease Variant Analysis

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

Rare and common disease variant analysis using NGS
- CVCD vs. RVCD: synthetic association
- Variant prioritization strategy
- Interpretation of deleterious variants
- Gene-centric approaches

김주한 교수
(서울의대)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: Functional effects of variant (CADD, SIFT, PolyPhen2)
          Gene-wise analysis using gene scoring system (RVIS, GDI)

박유미, 서희원

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

Advanced methods and algorithms for genetic association analysis
- Statistical methods for genomic association tests
- HLA imputation and fine-mapping
- Analysis of clinical geterogeneity and pleiotropy

한 범 교수
(울산의대)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: Statistical tests for association (Chi-square, Fisher's exact test and Odds ratio)
           Rare variant association tests (Burden tests, SKAT, SKAT-O)

이정훈, 윤선민

15:40 ~ 16:30

NGS Applications of Clinical Genetics and Genomics
- Understanding genetic risk prediction
- Genetic counseling
- Incidental findings from genomic sequencing data

이계화 박사
(서울의대)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: Genetic Risk Prediction methods
           ACMG recommended genes annotation
           Resources for personal genome interpretation(ClinVar, HGMD, PheGeni, SNPedia, PhenoDB)

윤선민, 류영재

 

DAY 4: Exome Sequencing and Cancer Genome Bioinformatics

          2월 23일(목)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

Exome Sequencing and Cancer Genome Bioinformatics

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

Exome Sequencing Analysis in Clinical Research
- Exome Sequencing Data
- Study Design and Workflow
- Exome Sequencing of Familial Disease

김남신 박사
(생명공학연구원)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: Trio-Exome-Sequencing Data Analysis
         Known Variant Filtering
         Detection of Disease-causing Variations
         Disease Gene Prioritization

박유미, 서희원

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

Cancer Genome Bioinformatics
- Cancer Genome Analysis
- Identifying Genomic Rearrangement
- Gene Fusion Analysis
- Survival Analysis

송영수 교수
(한양의대)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: Fusion Gene Analysis from RNA-seq
          Network and Survival Analysis
          Resources for Cancer Research:
          cBioPortal, COSMIC, CCLE, OncoMap

임영균, 박지혜

15:40 ~ 16:30

Copy Number and Genomic Rearrangement
- CNV Identification in Cancer Genome
- Copy Number Data Processing
- Genomic Rearrangement

김봉조 박사
(국립보건연구원)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: Cancer Genomic Rearrangement
           Identification of CNV regions
           CNV Database

김기태, 송유림

 

DAY 5: Advanced Microarray and RNA-seq Data Analysis

          2월 24일(금)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

Advanced Microarray and RNA-seq Data Analysis

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

RNA-Seq Data Analysis
- Read Alignment Methods
- Expression Quantification Strategy
- Differentially Expressed Genes Identification

강근수 교수
(단국대)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: Read alignment with TopHat,
          Expression Quantification with Cufflinks
          RNA-Seq Gene Expression Analysis

이우승, 이정훈

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

Biological Interpretation of Transcriptome Data
- Gene Ontology & Pathway Analysis
- Gene Set Enrichment Analysis
- Prognostic Subgroup Prediction

김주한 교수
(서울의대)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: Gene Set Enrichment Analysis
           Cox-PH, Log Rank Test
           David, ArrayXPath

김주연, 임영균

15:40 ~ 16:30

Sequence-level Transcriptome Analysis
- Alternative Splicing Events
- Alternative Polyadenylation Analysis
- RNA Editing Analysis
- Non-coding RNA Characterization

박지연 박사
(서울의대)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: Alternative Splicing Identification
          RNA-DNA Difference (RDD) Analysis
          RNA Editing Site Annotation

류영재, 송유림

 

 

 

오시는 길

교육장소 | 서울의대 동창회관 3층 가천홀, 서울시 종로구 대학로 103 

교      통 | 지하철 4호선 혜화역 3번 출구