일 시 | 2021년 5월 24일(월) - 28일(금)
장 소 | 코로나로 인해 비대면 온라인으로 진행                                                                           

주 관 | 서울의대 정보의학실, 한국보건복지인력개발원, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC)
주 최 | 서울대학교병원 유전체 임상 정보분석 훈련센터

 

  제15차 GDA Workshop: 2018년 8월 27일~31일, 서울의대
  제15차 웍>샵에서는 다음과 같은 실습 모듈이 추가되었다.
  
(1) Public genetic characterization of a large panel of human cancer cell lines
   (2) Informatics for Cancer immunotherapy

  제1차 GDA Workshop: 2011년 8월 22일~26일, 서울의대

  제2차 GDA Workshop: 2012년 2월 20일~24일, 서울의대
  제2차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 3개가 추가 되었다.
  
(1) micro-RNA 데이터 분석
   (2) 개인유전체 해석: Personal Genome Interpretation
   (3) 암유전체/희귀질환유전체 데이터 분석

  제3차 GDA Workshop: 2012년 8월 20일~24일, 서울의대
   제3차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가되었다.
 
(1) Family-based 엑솜시퀀싱 분석
  (2) TCGA (The Cancer Genome Atlas) 데이터 분석

   제4차 GDA Workshop: 2013년 2월 18일~22일, 서울의대
    제4차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가되었다.
 
(1) eQTL 데이터 분석
  (2) PheWAS & EWAS 데이터 분석

  제5차 GDA Workshop: 2013년 8월 26일~30일, 서울의대
  제5차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 3개가 추가 되었다.
  
(1) 시퀀스 레벨 전사체 분석: Isoforms, Alternative Splicing, RNA-editing, and Fusion Gene
   (2) 개인유전체 해석을 위한 지식/데이터기반 자원 소개와 유전적 위험 예측 분석
   (3) Post-GWAS: EMR 데이터와 질병 연관 분석

  제6차 GDA Workshop: 2014년 2월 24일~28일, 서울의대
  제6차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) Human Genome Data Analysis using ENCODE
   (2) Cancer Genome Data Analysis using TCGA

  제7차 GDA Workshop: 2014년 8월 25일~29일, 서울의대
  제7차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) Functional Annotation of Sequence Variants
   (2) Expression Profiling and Alleleic Status using TCGA RNA-seq Data

  제8차 GDA Workshop: 2015년 2월 23일~27일, 서울의대
  제8차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 1개가 추가 되었다.
  
(1) The Final Release of the 1000 Genomes Project Data (2,504 samples) Usage

  제9차 GDA Workshop: 2015년 8월 24일~28일, 서울의대
  제9차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) Rare, common and disease variant interpretation
   (2) Clinical applications of Genetics and Genomics

  제10차 GDA Workshop: 2016년 2월 22일~26일, 서울의대
  제10차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 2개가 추가 되었다.
  
(1) The Dominant Regulatory microRNAs and Epigenetic Modulators
   (2) Genomic Understanding of Common and Complex Diseases

  제11차 GDA Workshop: 2016년 8월 22일~26일, 서울의대
  제11차 웍샵에서는 다음과 같은 실습모듈이 추가되었다.
  
(1) Advanced methods and algorithms for genetic and genomic data analysis
   (2) Alternative Splicing and Polyadenylation Analysis

  제12차 GDA Workshop: 2017년 2월 20일~24일, 서울의대
  제12차 웍샵에서는 다음과 같은 실습모듈이 추가되었다.
  
(1) Somatic mutation/CNV detection and Mutual exclusivity and coverage
   (2) Statistical tests for rare variant association

  제13차 GDA Workshop: 2017년 8월 21일~25일, 서울의대
  제13차 웍샵에서는 다음과 같은 실습모듈이 추가되었다.
  
(1) Pathway and Network Analysis of Cancer Genomes

  제15차 GDA Workshop: 2018년 8월 27일~31일, 서울의대
  제15차 웍샵에서는 다음과 같은 실습 모듈이 추가되었다.
  
(1) Public genetic characterization of a large panel of human cancer cell lines
   (2) Informatics for Cancer immunotherapy

유전체 데이터 분석
실습서 "유전체 데이터 분석" 출간

강좌 일정   

         강좌일정은 주최측의 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

DAY 1: Public Bio Big Data and Cancer Immunotherapy

          5월 24일(월)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

Public Genome and Exome Data and Human Genome Diversity
- Applications of The 1000 Genomes Project data
- The genome Aggregation Database (gnomAD)
- Mutation Frequencies in Diverse Populations

김도균 교수
(U.Penn)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: The 1000 Genomes Project and Human Genome Diversity
         Allele and Genotypic Frequency Calculation
         Identification of Rare Deleterious Mutations

부은경 (5장)

13:00 ~ 13:50

  중  식

14:00 ~ 15:30

The Cancer Genome Atlas (TCGA) Project and Cancer Genome Research
- TCGA Introduction
- TCGA Data and Scientific Findings
- Impact of TCGA and Future

 김태민 교수
(카톨릭의대)

10:30 ~ 12:00

실 습 II: Cancer Somatic Mutation Analysis
          Visualization of mutual exclusive mutation pattern
          Discovering driver mutations

이우승 (15장)

15:40 ~ 16:30

Informatics for Cancer immunotherapy
- Genomics in cancer immunotherapy
- Tumor mutation burden(TMD) and neoantigen
- Gene expression and immune cells

장현 교수
(국제성모병원)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Informatics for Cancer immunotherapy
          Variant annotation by VEP
          Neoantigen Prediction
          Identification of marker for immune cells

임영균 (17장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리


DAY 2: Methodology and Application for Next Generation Sequencing

           5월 25일(화)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

NGS Data Analysis
- Sequence Alignment Algorithms
- Whole Genome and Exome Data Analysis
- Variation Detection and Reference Genome

최무림 교수
(서울의대)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: Sequence Variant Calling and Annotation
           Exome Sequencing Alignment
           SNP, INDEL Identification and Filtering

홍진희 (10장)

12:00 ~ 13:00

  중  식

13:00 ~ 14:00

NGS Platforms and Applications
- Current NGS Platforms
- NGS Data Formats
- NGS Data Analysis Technologies
- NGS Applications

인용호 박사
(싸이퍼롬코리아)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: NGS Data Formats
          NGS Data Format Converting
          NGS Visualization Tools

정문경 (9장)

15:40 ~ 16:30

Exome Sequencing Analysis
- Exome Sequencing Data
- Study Design and Workflow
- Exome Sequencing of Familial Disease

한미령 교수
(국립인천대)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Annotating Functional Effect of Sequence Variants
           Introduction to ANNOVAR
           Use of GENECODE, Ensembl, BioMart, etc

조민아 (11장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리

 

DAY 3: Cancer Genome Bioinformatics

          5월 26일(수)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

Cancer Genome Bioinformatics
- Cancer Genome Analysis
- Genomic Rearrangement and Copy Number
- Somatic Variant detection/ Gene Fusion Analysis
- Survival analysis

송영수 교수
(건양의대)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: Cancer Somatic Mutation Analysis
          Somatic Variant Detection
          Survival Analysis
          Resources for Cancer Research

이우승 (13,14장)

12:00 ~ 13:00

  중  식

13:00 ~ 13:50

Advanced Cancer Genome Data Analysis
- Different types of variation in cancer
- Matched normal and tumor pair data analysis
- Cancer clonality and sequencing depth
- Visualizing cancer genomics data

정제균 박사
(차의대)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: Genomic Rearrangement, CNV, and Mutual exclusivity
           Mutual exclusivity and coverage
           Visualization of cancer study

임영균 (16장)

15:40 ~ 16:30

Multiomics and Precision Medicine
- Genome, Transcriptome, and Proteom Integration
- miRNA and Exosome Analysis
- Application for Precision Medicine

이수연 박사
(카톨릭의대)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Genomics Characterization of Human Cancer Cell Lines
          Gene expression in human cancer cell line
          Comparing Drug sensitivity by cell lines
          Drug-gene databases

안세환(7장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리

 

DAY 4: RNA-Seq and Transcriptome Data Analysis

          5월 27일(목)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 10:20

RNA-Seq Data Analysis
- Read Alignment Methods
- Expression Quantification Strategy
- Differentially Expressed Genes Identification

김기태 교수
(고대의대)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: RNA-Seq Transcriptome Basic Data Analysis
         Old Tuxedo Pipeline(tophat, cufflinks)
         New Tuxedo Pipeline(hisat2, stringtie)
         DEG analysis

권호식 (20장)

12:00 ~ 13:00

  중  식

13:00 ~ 13:50

Sequence-level Transcriptome Analysis
- Alternative Splicing Events
- Alternative Polyadenylation Analysis
- RNA Editing Analysis

박지연 박사
(카톨릭의대)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: Alternative Splicing Identification
          RNA-DNA Difference (RDD) Analysis
          RNA Editing Site Annotation

유경훈 (21장)

15:40 ~ 16:30

Non-coding RNA Analysis
- miRNA-seq Expression Profile Analysis
- Novel Transcript Discovery
- Non-coding RNA Characterization

백대현 교수
(서울대)

16:40 ~ 18:0

실 습 III: Micro-RNA and non-coding RNA Data Analysis
           RNA-Seq Gene Expression Analysis
           miRNA Sequencing Data Process
           miRNA Expression Profiling

안세환(22장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리

 

DAY 5: Advanced NGS Data Analysis

          5월 28일(금)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

15:40 ~ 16:30

Rare and common disease variant analysis using NGS
- CVCD vs. RVCD: synthetic associations
- Variant prioritization strategy
- Interpretation of deleterious variants
- Gene-centric approaches

 김주한 교수
(서울의대)

10:30 ~ 12:00

실 습 I: ENCODE and UCSC Genome Browser
           Methylation data & Histone modification data
           Chip-Seq data Analysis for regulatory SNP

최선 (6장)

12:00 ~ 13:00

  중  식

13:00 ~ 13:50

Advanced methods and algorithms for genetic association analysis
- Statistical methods for genomic association tests
- HLA imputation and fine-mapping
- Analysis of clinical heterogeneity and pleiotropy

한범 교수
(서울의대)

14:00 ~ 15:30

실 습 II: : Statistical tests for association (Chi-square, Fisher's exact test and Odds ratio)
           Rare variant association tests (Burden tests, SKAT, SKAT-O)

정문경 (24,25장)

9:30 ~ 10:20

Epigenome Data Analysis
- Epigenetic Mechanisms
- DNA Methylation Analysis
- Histone Modification Analysis
- Discovery of Epigenetic Biomarkers

류성호 교수
(순천향대)

16:40 ~ 18:10

실 습 III: Gene and Region-based Scoring Methods
           RVIS(Residual Variation Intolerance Score)
           SNVP(Single Nucleotide Variant Proportion)

유경훈 (26장)

18:10 ~ 18:30

질의응답 및 마무리