유전체 정보분석 전문가 기본과정2
R for Precision Medicine
임상 의료정보와 유전체 데이터의 통합분석에서 올바른 통계학적 도구 사용의 중요성은 아무리
강조해도 지나치지 않습니다. 공개 소프트웨어인 R statistical package는 풍부한
통계분석 라이브러리와 자료처리를 위한 컴퓨터 프로그래밍 환경 및 수준 높은 그래프 그리기를 지원합니다. 서울의대 정보의학실에서는
바이오정보학과 의과학 분야에서 R의 활발한 보급을 위한 실습 웍샵을 마련했습니다. 본 교육과정이 실질적인 생명의과학
데이터와 유전체 데이터의 분석을 위한 R 활용의 기초가 되기를 기원합니다.
- 2018년 10월 서울대학교병원 유전체 임상 정보분석 훈련센터장 김주한
일 시 : 2018년
10월
26일(금)
~ 10월
27일(토)
오전 9시 ~ 오후 5시
장 소 : 서울대 의과대학 의학도서관 3층 전산실습실
주 최 : 보건복지부
주 관 : 한국보건복지인력개발원, 서울대학교병원
인 원 : 30명 제한, 이틀 강좌 등록비 무료, 강의교재 제공
■ 프로그램 (Day 1)
시 간
|
주 제 |
9:00 ~ 9:10 |
등
록 |
9:10 ~ 9:30 |
Introduction
to R |
9:30 ~ 10:40 |
Starting with
R
- R Installation, R packages, workspace
-
Data type and structure
-
Basic R functions: built in functions
-
File read and write |
10:50 ~ 12:00 |
Data
manipulation with R
- Vector, matrix
-
Index, splice, conditional statement
-
Data management: sorting, merging, reshaping
-
Apply functions
-
User defined function |
12:00 ~ 13:10 |
중 식 |
13:10 ~ 14:20 |
Statistical Analysis with Biomedical Data I
- Distributions
- Parametric tests
- Non-Parametric stats |
14:30 ~ 15:40 |
Statistical Analysis with Biomedical Data II
- Correlation
- Regression
- ANOVA |
15:50 ~ 17:00 |
Advanced R
graphics and ggplot2
- Plot, histogram, qqplot, boxplot
- Layout, axis, legend and text
- ggplot2: scatterplot, histogram, boxplot, barplot, density plot
- Error bar, line graph
|
■ 프로그램
(Day 2)
시 간
|
주 제 |
9:10 ~ 9:30 |
Machine
Learning Algorithms for Biomedical Informatics |
9:30 ~ 10:40 |
Microarray Data Analysis I
-
Introduction to Microarray Data
-
Normalization methods |
10:50 ~ 12:00 |
Microarray Data Analysis II
- Identifying DEG: t-test, SAM
-
Volcano plot
-
FDR |
12:00 ~ 13:10 |
중 식 |
13:10 ~ 14:20 |
Classification using R
-
K-Nearest Neighbor
- Support Vector Machine
- Logistic regression
- Feature selection |
14:30~ 15:40 |
Evaluation
and Validation
- Cross validation
- Train/validation/test set split
- Empirical p-value, permutation test
- Multiple testing
- Mean squared error rate |
15:50 ~ 17:00 |
Case
study: association of BRCA1 and BRCA2 mutations with
survival in ovarian cancer (JAMA 2011)
- DEG extraction from RNA-seq data using TRAPR
- Clustering (K-means, hierarchical)
- Correlation analysis between methylation and expression
data
- Survival analysis |
■ 등 록
교육대상:
(1) BT·IT 혹은 의학분야 전공 학부 졸업생, 관련 석·박사과정 및 학위 소지자
(2) 의료기관 및 공공기관, 연구중심병원, 유전체분석 업체 취업 희망자
(3) 유전체 관련 기업, 연구소 등 재직자 및 창업 (준비)자
지원절차:
서류 전형 및 합격자 개별 통지
원서교부 및 접수기간 : 2018. 8. 30 ~ 2018. 10. 5
제출서류 : 아래 첨부한 지원서 양식을 다운로드 받아 일괄 작성하여 사무국에 제출
사무국 : 02-740-8854 송민주 (bdpm.office@gmail.com)
홈페이지 : http://bitec.snubi.org/course7.html
지원방법 : 이메일 혹은 직접 제출 (우편 접수 불가)
합격자 발표일시 : 2018.10.12. (예정)
지원서 다운로드
■ 실습 컴퓨터
실습실에 컴퓨터가 준비 되어있으므로, 개인 노트북은 준비 하지 않으셔도 됩니다.
장 소 : 서울대 의과대학 의학도서관 3층 전산실습실
교 통 : 지하철 4호선 혜화역 3번 출구
주 차 : 주차권을 판매하지 않는 관계로 가급적 대중교통을 이용하시기 바랍니다.
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