선천성 신 증후군은 태아기부터 발생하는 단백 소실을 특징으로 한다. 이 같은 형태의 신 증후군은 핀란드인에게서 흔하지만 (8200 출생당 1건의 발병률), 전세계적으로 다양한 인종에서 관찰되는 질병이다. 출생 시 증상은 단백 결핍에 의해 나타난다. 질병에 이환 된 소아들은 80% 이상에서 미숙아로 태어나고, 출생 시 저체중을 보인다 (약 2600g). 태반 용적이 증가하여 출생체중의 25% 이상을 차지한다. 조직학적으로 초기 사구체 변형은 미세하지만 신세관은 소구성 확장을 보인다. 이 질환은 상염색체 열성으로 유전되고, 모든 민족에서 공통적으로 19번 염색체에 위치한 NPHS1 유전자의 돌연변이에 의해 발생한다. 확인된 다양한 돌연변이들 중 핀란드 인구에서 두드러지는 돌연변이는 두 가지가 있다.
첫번째는 2번 엑손 (Fin major) 내 두 개의 염기쌍 결손, 두번째는 26번 엑손 (Fin minor) 내 nonsense 변이이다. 상기 두 돌연변이는 핀란드 환자의 약 90%에서 동형접합 또는 복합이형접합의 형태로 관찰된다. 핀란드 이외의 지역에서는 약 50 종류의 돌연변이가 확인되었다. 산전진단도 가능하다. 신 증후군은 이르면 재태연령 15주부터 시작되어 양수 내 알파태아단백 (alpha-fetoprotein) 농도가 10배 증가하고, 비교적 작은 정도이지만 산모 혈액 내 농도도 병행하여 증가하게 된다. 이와 같은 검사 소견은 발병 위험이 높은 가족들에게 산전진단을 가능하게 해준다.
하지만 NPHS1 유전자의 이형 접합성 변이도 알파태아단백(alpha-fetoprotein) 농도의 상승을 초래할 수 있기 때문에 오진의 원인이 될 수 있다. 최근에는 유전자 확인을 통하여 정확한 산전진단이 가능해졌다. 이는 유전정보를 알 수 있는 가족 내에서 microsatellite 를 이용한 연관분석을 시행하거나, 가족 내 이환 된 자손의 원인 돌연변이가 밝혀진 경우 영양막 세포 조직을 이용한 유전자 분석을 시행하는 방법으로 이루어진다. 신증후군은 심각한 경과를 보인다; 스테로이드 및 면역억제제에 내성을 보이고 말기신질환으로 진행하게 된다. 다량의 단백 소실로 인해 감염 및 영양실조 등의 합병증이 흔하다. 투석 및 신이식을 고려해볼 수 있다. 이식편에서 재발은 일어나지 않는다.
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