Bioinformatics for Genomic Medicine: 유전체정보의학

책임교수 김주한 
강의시간 매주 월요일 오후 4:30 ~ 7:30
강의 장소 기초연구동 507
공지사항 B4GM2003 게시판

Schedule 2003

  Date Type  Issues   Lecturer Readings b4gm@home
1 03월 03일 Administrivia
2 03월 11 강의 Bioinformatics and genomic medicine 김주한 BGM, DC
3 03월 17일 강의 Biomolecular databases 김주한 DBSyserror, GeneCards, MIPS Linux
초빙강좌 Programs for Genomics Application, NHGRI 하버드의대 공석원
실습 What you should know about Linux. (박찬희)
4 03월 24일 초빙강좌 Microarray technologies 서울대 박웅양 Shena, Brown, Pathology

Perl, Python

강의 Genomic technologies 김주한
실습 Perl/Python programming (김지훈/정희준)
5 03월 31일 강의 Using Genomic Databases 김주한 EST
SAGE,
RT-PCR,
Annotation
print in your finger exercise!

초빙강좌 EST analysis and Genome Annotation 이화여대 이상혁
실습 Perl/Python programming (김지훈/정희준)
6 04월 07일 강의 Gene Finding 김주한 review
canwe?
application
semanticWeb

 

초빙강좌 XML for Bioinformatics 아주대 김형도
실습 Databasing expression with XML (박지연)
7 04월 14일 초빙강좌 Genome Annotation 김주한 maReview
YH_Yang
Churchill
Quackenbush
R-tutorial -> print in your finger exercise!
강의 Statistical issues in microarray data analysis 김호
실습 R-programming (김지훈)
8 04월 21일 강의 Normalization and differential expression 김주한

ksshim 
bioinfo 
shho

 
초빙강좌 Datamining 이해 KAIST 호승희
실습 Writing term project proposal (박찬희)
9 04월 28일   Term project proposal & Beer

김선영: 마이크로어레이 자료분석방법에 관한 고찰
유수영: CDA  문서와 관련 Genes, Drugs의 통합 검색
김지훈: Evaluation of methodology for identification of genes with cell cycle-coupled transcription
김윤희: Application to use Database after Statistical Analysis for cDNA microarray data
지현주, 정지은: The method of data processing for morphologic study
정희준: BioSVG
최혜령: 각질형성세포의 cryopreservation에 관한 연구
박찬희: Major database integration

김봉조: Differential gene expression of heterozygous mice for the TGF-β type II receptor in experimental diabetic nephropathy model 
심재현: Protein Hydrophobicity 계산에서 Window size와 Weight 설정
진영우: 선량에 따른 방사선 효과의 유전자 발현 비교

수강생은 6월 23일까지 자신의 Term project를 A4용지 10매 이내의 소논문(Term paper)를 제출합니다.
위의 명단에서 빠지신 분은 학점 취득에 불이익이 매우 크므로 강사와 의논하시기 바랍니다. 

10 05월 05일 Children's day 어린이
11 05월 12일 강의 Unsupervised learning  김주한 Eisen
Yeung
클러스터링
(data set)

print in yfe!
실습 clustering (이정애)
12 05월 19일 강의 Differential expression / Supervised learning Newton
Tusher
Baldi
Churchill
ann/c5
print in your finger exercise!
초빙강좌 신경회로망의 배경다층퍼셉트론 모형 세종대

조민호

실습 ann/c5 (윤혜성)
13 05월 26일 computational statistics & numerical analysis 베이즈
HMM
초빙강좌 em/gibbs/mcmc/hmm (김지훈) 서울대 정태수
14 06월 02일 강의 Proteomics 김영수

 

실습  
15 06월 09일 ==================================================
Term project presentation - I

- 김지훈: Evaluation of methodology for identification of genes with cell cycle-coupled transcription
 

16 06월 16일 ==================================================
Term project presentation - II

- 유수영: CDA  문서와 관련 Genes, Drugs의 통합 검색
- 김윤희: Application to use Database after Statistical Analysis for cDNA microarray data
- 지현주, 정지은: The method of data processing for morphologic study
- 최혜령: 각질형성세포의 cryopreservation에 관한 연구

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수강생은 6월 18일까지 자신의 Term project를 A4용지 10매 이내의 소논문(Term paper)를 제출합니다.

Administrivia

첫날은 강의가 없습니다.

3월 10일 강의는 (미국 학회 참석관계로) 이틑날인 3월 11일에 시작합니다. (오후 4:30)
행정적인 내용도 이날 다루어 집니다.

본 강좌는 수강생의 약간의 컴퓨터 프로그래밍 지식을 요합니다. 프로그래밍이 부담스러운 학생도 있으리라
생각합니다만, 프로그래밍을 전혀 할 수 없다면 본 강좌 전체가 무의미하다고 믿으므로, 이는 필수사항입니다.
첫 두 주 사이에 조교의 실습을 통해서 리눅스와, Perl, Python 에 대한 최소한의 강좌를 계획하고 있습니다.
이 기간동안에 스크립트수준의 프로그래밍 기법을 익히시기 바랍니다.

3학점 강좌입니다. 평가는 

강좌에 출석하시기 전에 미리 Readings를 읽고 오십시오.

시험은 없습니다.

Term project and paper

9번째 시간인 4월 28일에는 이번 한 학기동안 어떤 프로젝트를 진행할지 발표합니다. 표지포함 10매 이내
(문장은 장당 8줄 이내)의 슬라이드를 준비해서 10분간 연구의 Motivation, Problem definition, My approach
to solve the problem. 을 제안합니다. 학생은 자신의 Term project 준비를 위해서 4월 1일 이후부터 강사
혹은 조교와 상의하실 수 있습니다. 평가의 주안점은 문제의 도출과정과 문제제기의 합리성입니다.

16번째(6/16) 및 17번째(6/23)은 약 25분에 걸쳐서 자신의 Term project presentation을 합니다.

수강생은 6월 23일까지 자신의 Term project를 A4용지 10매 이내의 소논문(Term paper)를 제출합니다.

Textbooks, recommended

Bioinformatics, Mount
Genomes, Brown
Bioinformatics, Baxevanis
Postgenome informatics, Kinehasa

Readings

comming soon

Program

Secure Shell: