2013 Summer Retreat


주최: 서울대학교 의과대학 정보의학실


장 소: 리솜 오션 캐슬(http://www.resom.co.kr/ocean/), 충남 태안군 안면도 꽃지 해수욕장

시 간: 2013년 7월 12일(금) ~ 13일(토)

Program - Day

일정 주제 발표자
08:00 ~ 10:30 집합 및 출발
전원
10:30~10:40 개회
김주한 교수님
10:40 ~ 11:40 Session 1 　
　 10:40~11:00 Bayesian inference of genetic models of complex diseases
박이영
　 11:00~11:20 Bladder Cancer Cell lines and its Chemo-resistance profiles
서희원
11:20~11:40 휴 식 　
11:40 ~ 12:20 Session 2 　
　 11:40~12:00 Genomic characterization of drug perturbation sensitivity
임재현
　 12:00~12:20 Identifying disease variants in genotypic association
김기태
12:20~13:20 중 식 　
13:20 ~ 14:20 Session 3 　
　 13:20~13:40 Aging Pattern Clustering - Gender Difference
이계화
　 13:40~14:00 Early detection of pharmacovigilance adverse signals using controlled vocabularies
이수현
　 14:00~14:20 MELLO: Medical Life-Log Ontology
김혜현
14:20~14:40 휴 식 　
14:40~15:40 Session 4 　
　 14:40~15:00 SNPChase : correcting errors from diverse SNV databases for SNVs
임영균
　 15:00~15:20 PhenoRanker: Personal genome sequence based phenotype ranking algorithm for potential risk prediction
이수연s
　 15:20~15:40 PharmRank2:Personal genome sequence-based pharmacogenomic drug ranking with biomedical knowledge boosting
백수연
15:40~16:00 휴 식 　
16:00~16:30 Session 5 　
　 16:00~16:30 Health avatar platform 시연
정희준
16:30~16:40 폐 회 　
16:40~18:30 짐 정리 및 개인활동 　
19:00~ 저녁식사 　





2013 Winter Retreat


주최: 서울대학교 의과대학 정보의학실


장 소: 대명 비발디파크, (http://www.daemyungresort.com/vp) 강원도 홍천군 서면

시 간: 2013년 2월 4일(월) - 6일 (수)

Program - Day 1

일정 주제 발표자
08:30 ~ 10:00 집합 및 출발
전원
10:00~10:20 개회
김주한 교수님
Session 1 Microarray Analysis & Functional Genomics 　
　 10:20~10:50 Integrative Analysis of microRNA-target Interactions with Clinical Outcome
정제균
　 10:50~11:20 Functional Characterization of Yeast DNA Motif Clusters using Multiple Annotation Methods
정 용
　 11:20~11:50 Knowledge bootstrapping: A graph-based integration with multi-omics data and genomic knowledge
김도균
11:50~13:30 중 식 　
Session 2 NGS Data Analysis & Genome Interpretation (Part I) 　
　 13:00~13:30 Signature of Nephrotic Syndrome: Whole Transcriptome Sequencing of Peripheral Mononuclear Cells from Pediatric Idiopathic Nephrotic Syndrome
서희원
　 13:30~14:00 Characterizing gene expression in lung tissue of COPD subjects using RNA-seq
임재현
14:00~14:20 휴 식 　
　 14:20~14:50 Genomancer : A secure, modular and distributed system for interpreting personal genome on mobile smartphone
윤준희
　 14:50~15:20 CREE a Tool for Comparison and Retrieving of RNA-editing Sites from RNA-seq Data
이수연s
15:20~15:40 휴 식 　
Session 3 Medical Informatics (Part I) 　
　 15:40~16:10 Metadata Registry based integration and transformation between openEHR archetype and HL7 template
박유랑
　 16:10~16:40 CDISC Transformer: metadata driven semi-automatic transformation of clinical trial data to CDISC ODM
김혜현
16:40~17:40 종 료 　

Program - Day 2

일정 주제 발표자
Session 1 NGS Data Analysis & Genome Interpretation (Part II) 　
　 09:00~09:30 Exome sequencing of Acute Myeloid Leukemia, M2 subtype
이계화
　 09:30~10:00 MedCassandra: Drug and ADR ranking forecast system based on personal genomic variation
백수연
　 10:00~10:30 Predicting disease predisposition patterns of the personal genome
나영지
10:30~10:50 휴 식 　
Session 2 Medical Informatics (Part II) 　
　 10:50~11:20 HealthPro: Designing Search Strategies for Retrieving Data from Clinical Data Warehouse
조용래
　 11:20~11:50 Rapid identification of adverse drug reaction using controlled vocabularies
이수현
11:50~12:00 폐 회 　



2012 Spring Retreat


주최: 서울대학교 의과대학 정보의학실


장 소: 라 데나 콘도미니엄, (http://www.ladenaresort.com) 강원도 춘천시 삼천동

시 간: 2012년 5월 25일(금), 오전 10시 - 오후 6시

Program

일정 주제 발표자
10:30~11:00 개회
김주한 교수님
Session 1 NGS Data Analysis & Genome Interpretation 　
　　 11:00~11:30 Predicting disease predisposition of personal genome based on disease hierarchy
나영지
　 11:30~12:00 Loss of function gene-set analysis of personal genome using pathway-disease similarity
서희원
12:00~13:30 중식 　
Session 2 Micoarray Analysis & Functional Genomics 　
　 13:30~14:00 Extracting of coordinated patterns of DNA methylation and gene expression in ovarian cancer
정제균
　 14:00~14:30 Graph based integration with heterogeneous genomic data and genomic knowledge
김도균
　 14:30~15:00 GEE : A tool for Gene Expression data Explore
이수연
15:00~15:30 Coffee break 　
Session 3 Pharmacogenomics & Clinical Informatics 　
　 15:30~16:00 Rapid identification of adverse drug reaction using controlled vocabularies
이수현
　 16:00~16:30 HealthPro: An Integrated Informatics Platform for Clinical Research in Data Warehouse
조용래
16:30~17:00 폐회 　


　



2009 Winter Retreat

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주최: 서울대학교인간유전체연구소 생명의료정보연구실


2009년 겨울 Retreat은 2009년 12월 30일~31일 용인 에코그린타운에서 개최되었습니다.

발표자료 (ppt and paper (word)) Deadline: 12월 29일 6:00pm

Program

일정 주제 발표자
개회
10:30~11:00 Special keynote 김주한 교수님
11:00~12:00 Session 1: Biomedical data integration research 　
　　 11:00~11:30 Ontology-based integration of cDNA and tissue microarray database management system 송영수
　 11:30~12:00 A graph-based integration of multidimensional cancer genomics data 김도균
12:00~13:30 중식 　
13:30~15:00 Session 2: Genome data research 　
　 13:30~14:00 Characterizing microRNA regulatory modules using microRNA-mRNA coexpression data 나영지
　 14:00~14:30 GO Enrichment analysis of clustered miRNAs by using three hypergeometric distribution 이수연
　 14:30~15:00 An improved method to measure the gene similarity using ontological relation of GO terms 변상재
15:00~15:30 Coffee break 　
15:30~17:00 Session 3: Biological database issue 　
　 15:30~16:00 Finding gene symbol, cross-reference inconsistency from Gene Centric Databases 박찬희
　 16:00~16:30 MetaPath: a meta-database for public biological pathway database 정희준
　 16:30~17:00 Trends in Biological Pathway-based Analysis 윤선민
17:00~17:30 폐회 　
　

Dinner: Barbeque party




2008 Winter Retreat

주최: 서울대학교인간유전체연구소 생명의료정보연구실
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2008년 겨울 Retreat은 2008년 11월 21일 용산역 대회의실에서 개최되었습니다.

　

Program

일정 주제 발표자
09:30~10:00 개회 김주한 교수님
10:00~11:00 Session 1 　
　　 10:00~10:25 GRIP ( Genome Research Information Pipeline )　 박찬희
　 10:25~10:50 CellMAP: an integrated pathways map using cellular location　 정희준
10:50~11:10 Coffee break 　
11:10~12:00 Session 2 　
　 11:10~11:35 A framework for integrative analysis of copy number and gene expression profile based on the summarized data sets　 김도균
　 11:35~12:00 TMA-TAB: A spreadsheet-based format for tissue microarray data?　 송영수
12:00~13:30 중식 　
13:30~14:20 Session 3 　
　 13:30~13:55 Semantic Similarity Measure evaluation using sequence similarity　 변상재
　 13:55~14:20 Pathway-based classification analysis of breast cancer microarray data　 조성범
14:20~14:30 Coffee break 　
14:30~15:20 Session 4 　
　 14:30~14:55 Predict microRNA expression profiles from mRNA expression using Machine Learning　 이수연
　 14:55~15:20 Identifying post-transcriptional regulatory networks by combinatorial analysis of microRNAs　 나영지
15:20~15:30 중식 　
15:30~16:20 Session 5 　
　 15:30~15:55 Analysis of the BA pattern in the pop.(lifestyle behavior $ dz. risk factor)　 강기원
　 15:55~16:20 Development of models for predicting biological age (BA) with parameters of screening program　 강소영
16:20~16:30 폐회 　




2008 Summer Retreat

주최: 서울대학교인간유전체연구소 생명의료정보연구실
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2008년 여름 Retreat은 2008년 7월 14일 양평 남한강 별장에서 개최되었습니다.

 

 관리인이 상주하는것이 아니므로 답사는 사전에 문의를 주셔야 합니다.
 
[대중교통]
기차
서울의 경우, 청량리역에서 양평행 기차 중 국수역 경유하는 기차를 이용하셔야 합니다.
(열차 출발 시간은 역마다 차이가 있습니다. 별도의 확인이 필요합니다) 
양평역 하차시  국수리역행 버스로 환승하거나 택시 이용하셔야 합니다(택시비 약 1만원) 
 
버스
상봉역 버스터미널(시외버스이므로 별도의 번호 없이 국수리행 버스 탑승하시면 됩니다. 1시간에 
한 두 차례 출발)이나 동서울터미널(2000-1번)에서 버스를 타시고 국수중학교 앞 하차하시면 픽업해 
드립니다.
- 하차역 : 국수리역,양평 중.고등학교,국수중학교(버스마다 하차역이 다를 수 있습니다)
 
- 하차 후 전화 주시면 픽업해 드립니다.

　

Program

일정 주제 발표자
10:30~11:00 개회 : Special keynote 김주한 교수님
11:00~12:00 Session 1 : Biological database issue 좌장 : 박유랑
　　 11:00~11:20 GRIP ( Genome Research Information Pipeline ) 박찬희
　 11:20~11:40 CC2Gene: an integrated gene re-annotation in GPL 정희준
　 11:40~12:00 BioCLASS : Biological Concept Lattice on Annotated Semantic Space 김지훈
12:00~13:00 중식
13:00~13:40 Session 2 : Clinical data research 좌장 : 박찬희
13:00~13:20 TMA-TAB: A spreadsheet-based format for tissue microarray data 송영수
13:20~13:40 Developmental plan for metadata in clinical research　 박유랑
13:40~14:00 Coffee break
14:00~14:40 Session 3 : Genome data research 좌장 : 정희준
　 14:00~14:20 co-transcriptomics : integrated analysis of microRNA and mRNA expression　 이수연
　 14:20~14:40 Integrative studies for SNPs and CNVs with gene expression data 김도균
14:40~15:00 Coffee break
15:00~16:00 Session 4 : Biological data analysis 좌장 : 이수연
　 15:00~15:20 aging : 노화 강석훈, 강기원
　 15:20~15:40 Microarray data analysis : an overview 변상재
　 15:40~16:00 Estimation of Mean Sojourn Time with Cervical Cancer Screening Based on Markov Model 강소영
16:00~16:20 Coffee break
16:20~17:00 Session 5 : Biological data analysis 좌장 : 김도균
　 16:20~16:40 Discovering functional relationships between miRNA and mRNA expression 나영지
　 16:40~17:00 Comparative study on multivariate T test for set-wise microarray analysis 조성범




2008 Summit on Biomedical Informatics

주최: 서울대학교인간유전체연구소 생명의료정보연구실
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문의사항은 김주한교수님 연구실의 김지훈 (djdoc@snu.ac.kr 02-740-8318)에게 문의해주십시오.

2008년 겨울 첫 번째 세미나는 서울유스호스텔 소회의실 에서 2007년 12월 28일 오전 9시에 시작합니다.

 

　

Time

Title

Abstract

Presenter

08:30~09:00

Registration

09:00~09:50

Special keynote

Professor Ju Han Kim

09:50~11:20

Session I : Biomedical informatics for disease

Session chair : Jihun Kim

　

The development of clinico-histopathological metadata for cancer-oriented research

　

Yu Rang Park

　

Pathway classification analysis using BoostKDBC

　

Sung Bum Cho

　

Feature selection and Rule extraction of time series microarray using GP

　

Su Yeon Lee

11:20~11:30

coffee break

11:30~12:30

Session II : Young investigator competition

Session chair : Young Ji NA

　

GEOXperanto

　

Sang Jae Byun

　

Integration of heterogeneous probe-level data

　

Do Kyoon Kim

12:30~13:30

Lunch

13:30~15:00

Session III : Gene regulation and transcriptomics

Session chair : Sung Bum Cho

　

microRNA regulation depends on the regional effect

　

Young Ji NA

　

Imporving DEG identification in small sample datasets using GEO data

　

Mingoo Kim

　

BioCLASS : A semantic comparison of microarray gene expression data

　

Jihun Kim

15:00~15:10

coffee break

15:10~16:10

Session IV : Database integration

Session chair : Mingoo Kim

　

CeLMAP: integrated pathways map using cellular location information

　

Hee Joon Chung

　

Integrative analysis in the study of cancer

　

Chan Hee Park

16:10~16:20

Closing

16:30~18:30

Special program

19:00~21:00

Reception