일 시 | 2013년 2월 18일(월)- 22일(금)
장 소 | 서울의대 동창회관 3층 가천홀                                                                  
주 관 서울의대 정보의학실, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC)
주 최 | 대한의료정보학회, 한국생물정보시스템생물학회 

제4차 Genome Data Analysis Workshop을 개최하며

안녕하십니까? 

Genome Data Analysis라는 이름으로 유전체 데이터 분석 실습 웍샵을 시작한지 2년의세월이 흘렀습니다. 요즈음 빅데이터라는 말이 화두가 되었습니다. 선진국에서는 하드웨어의 시대에서 소프트웨어의 시대를 지나 데이터의 시대가 오고 있다고 합니다. 그간 다양한 Bioinformatics 웍샵이 있었지만, 저희 GDA는 ‘Data’라는 단어가 중심이 된 것처럼 다양한 유전체 데이터 모두를 직접 다루어 보는 ‘예제 중심’의 실습 웍샵으로 제공됩니다.

바이오-정보학 분야는 정말 놀랍게 커졌고, 최근 화두 중 하나인 “맞춤의학”도 바로 임상 데이터와 유전체 데이터에 기반한 데이터 의학이라고 볼 수 있습니다.. 그 어느 때보다도 데이터에 대한 올바른 이해가 중요한 시대가 되었으며, 데이터의 양적 팽창 뿐 아니라 서열정보, 발현정보, 에피지놈 정보, 정보표준 및 분자생물학 데이터베이스, 온톨로지 등 우리가 다루어야 할 생명의과학 데이터의 목록은 계속 길어져만 가고 있습니다.

이러한 연구자들의 실질적 문제해결에 도움이 되기 위해서, 서울의대 정보의학실과 서울대 시스템 바이오 정보의학 국가핵심연구센터에서는 2013년도 동기 방학을 맞아 초보자도 접근할 수 있는 실용적인 유전체 데이터 분석의 전반적인 기초지식을 연습하고, 연구 뿐 아니라 맞춤의료 및 산업에 응용가능한 내용으로 GDA (Genome Data Analysis) 웍샵을 개설했습니다. 본 웍샵을 통해 실용적인 유전체 정보 분석의 역량을 강화하는 기회가 되시기를 기대하며 많은 관심과 참여를 부탁드립니다.

2013년 1월, 서울의대 정보의학실장  김 주 한
 

  제1차 GDA Workshop: 2011년 8월 22일~26일, 서울의대

  제2차 GDA Workshop: 2012년 2월 20일~24일, 서울의대
  제2차 웍샵에서는 다음과 같은 새로운 실습모듈 3개가 추가 되었다.
  
(1) micro-RNA 데이터 분석
   (2) 개인유전체 해석: Personal Genome Interpretation
   (3) 암유전체/희귀질환유전체 데이터 분석

   제 3차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가되었다.
 
 (1) Family-based 엑솜시퀀싱 분석
   (2) TCGA (The Cancer Genome Atlas) 데이터 분석

   본 4차 웍샵에서는 다음과 같은 2개의 실습모듈이 추가될 예정이다.
 
 (1) eQTL 데이터 분석
   (2)
PheWAS & EWAS 데이터 분석

유전체 데이터 분석
실습서 "유전체 데이터 분석" 출간

강좌 일정   

        강좌일정은 주최측의 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

DAY 1: Advanced Microarray Data Analysis

           2월 18일(월)

시간

  주  제

강 사

8:00 ~ 9:00

등록 및 사전 프로그램 설치

9:00 ~ 9:20

Advanced Microarray Data Analysis

김주한 교수

9:20 ~ 10:10

Gene Expression Analysis
- Normalization
- Differential Expression Analysis
- Classification Analysis

김주한 교수
(서울의대)

10:20 ~ 11:40

실 습 I: Bioconductor
          t-test, SAM, ANOVA, FDR
          LDA, DTs, SVMs

나영지, 이수연

11:40 ~ 12:40

  중  식

12:40 ~ 13:30

Gene-set Approaches & Prognostic Subgroup Prediction
- Gene Set Database
- Gene Set Enrichment Analysis
- Prognostic Subgroup Prediction

조성범 박사
(국립보건연구원)

13:50 ~ 15:00

실 습 II: Gene Set Enrichment Analysis
           Cox-PH, Log Rank Test            ArrayXPath, David

김도균, 서희원

15:10 ~ 16:00

Clustering & eQTL analysis of gene expression data
- Clustering Analysis
- Cis- and trans-expression QTL
- eQTL hotspots

- Connection to GWAS

손경아 박사
(서울의대)

16:10 ~ 17:30

실 습 III: KNN, SOM, HC, PCA
           eQTL resources

이수연, 백수연

 

DAY 2: Next Generation Sequencing & Personal Genome Data
          Analysis

          2월 19일(화)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

Next Generation Sequencing & Personal Genome Data Analysis

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

NGS Platforms and Applications
- Current NGS Platforms
- NGS Data Formats
- NGS Data Analysis Technologies
- NGS Applications

지훈 박사
(마크로젠)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: NGS Data Processing
         NGS Sequence Alignment
         NGS Visualization Tools

나영지, 임재현

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

Exome Sequencing Analysis
- Exome Sequencing Data
- Exome Sequencing of Rare Disease
- Variant Analysis and Annotation

김남신 박사
(생명공학연구원
KOBIC)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: SNP and Indel Identification
          Variant Analysis and Annotation

박찬희, 서희원

15:40 ~ 16:30

Personal Genome Interpretation
- Phenotype Annotation
- Genetic Risk Prediction
- Healthcare Application

김주한 교수
(서울의대)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: Exome-seq Analysis for Disease
           Family Sequencing Data Processing
           Detection of Disease-causing Variations

서희원, 나영지

 

DAY 3: RNA-seq, Disease Genome Data Analysis

          2월 20일(수)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

RNA-seq, Disease Genome Data Analysis

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

RNA-Seq Data Analysis
- Novel Transcript Discovery
- Alternative Splicing Identification
- RNA-editing Analysis
- Differentially Expressed Genes Identification

정제균 박사
(서울의대)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: TopHat, Cufflinks
          RNA-Seq Gene Expression Analysis           Gene Fusion Analysis

서희원, 임재현

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

Cancer Disease Genome Informatics
- Cancer Genome Analysis
- Identifying Genomic Rearrangement
- Gene Fusion Analysis
- Rare Disease Analysis

김남신 박사
(생명공학연구원
KOBIC)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: TCGA Data Analysis
           Cancer Genome Analysis (Mutation
           Plotting, Network Analysis, Visualization,
           Mutation, Methylation, Survival Analysis)

김도균, 임재현

15:40 ~ 16:30

Genome-wide Copy Number Variation Analysis
- CNV in Diseases
- CNV Database
- CNV Data Processing
- Copy Number Detection

김봉조 박사
(국립보건연구원)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: Cancer Genomic Rearrangement
           Rare Disease Analysis
           Identification of CNV Regions

이수연, 백수연

 

DAY 4: Network Biology, Sequence, Pathway and Ontology
          Informatics

          2월 21일(목)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

Network Biology, Sequence, Pathway and Ontology Informatics

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

Motif and Regulatory Sequence Analysis
- Sequence Motif Analysis
- Genome Sequence Analysis
- Genome Browser

정해영 박사
(생명공학연구원)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: TF Target Prediction for Metagenomes
          Phylogenetic Analysis (ClustalW &
          TreeView)
          UCSC Genome Browser

조용래, 정용

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

Molecular Pathway & Gene Ontology
- Biopathway Analysis
- Gene Ontology & Pathway Database and Tools
- Biological Literature and Text Mining

 

14:10 ~ 15:30

실 습 II: Pathway, Gene Ontology Analysis           BioLattice, Pubgene
          Biological Text Mining

윤준희, 백수연

15:40 ~ 16:30

Biological Network Analysis
- Characteristics of Biological Network
- Protein-protein Interaction Network Analysis
- Regulatory Network Analysis

이기영 교수
(아주대)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: Network Analysis (Cytoscape, igraph)            Properties of Interaction
           Network Visualization

희원, 임재현

 

DAY 5: SNPs, GWAS, PheWAS & EWAS: Informatics for Variations

          2월 22일(금)

시간

  주  제

강 사

8:30 ~ 9:30

등록 및 사전 프로그램 설치

9:30 ~ 9:50

SNPs, GWAS, PheWAS and EWAS: Informatics for Variations

 김주한 교수

9:50 ~ 10:40

SNP Data Analysis
- Linkage Disequilibrium Analysis
- Haplotype Estimation
- LD Blocking, Tagging SNPs Selection

박지완 교수
(한림의대)

10:50 ~ 12:10

실 습 I: Haplotype Estimation, LD Blocking
          dbSNP Database
          Pharmacogenetic Analysis (PharmGKB)

윤준희, 김도균

12:10 ~ 13:10

  중  식

13:10 ~ 14:00

GWAS Data Analysis
- Genotype & Haplotype
- Rare Variant Analysis
- Runs of Homozygosity (ROH)
- Regression-based Testing

이채영 교수
(숭실대)

14:10 ~ 15:30

실 습 II: GWAS Catalog
          GWAS test with PLINK software

박찬희, 조용래

15:40 ~ 16:30

PheWAS & EWAS Data Analysis
- Beyond GWAS
- Phenome-Wide Association Study (PheWAS)
- Environment-Wide Association Study (EWAS)

김도균 박사
(서울의대)

16:40 ~ 18:00

실 습 III: PheWAS analysis
           PheWAS view
           Synthesis view
           Phenogram
 

김도균, 서희원

 

 

오시는 길

교육장소 | 서울의대 동창회관 3층 가천홀, 서울시 종로구 연건동 28 

교      통 | 지하철 4호선 혜화역 3번 출구 이용