일 시 | 2012년 2월 20일(월)- 24일(금)
장 소 |
서울의대 연건캠퍼스 6동 (구 보건대학원) 4층 강당                                                     
주 관
| 서울의대 정보의학실, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC)
주 최 | 대한의료정보학회, 한국생물정보시스템생물학회 

Genome Data Analysis Workshop을 개최하며

안녕하십니까?

차세대 시퀀싱 기술(NGS, Next Generation Sequencing)을 포함한 방대한 유전체 데이터는 대부분의 생명과학자나 의학자에게 다루기도 힘들 뿐 아니라 그 정보처리와 분석, 나아가 의미있는 해석은 참으로 어려운 작업이 되었습니다. 서열정보, 발현정보, 메타-에피지놈 정보, 정보표준 및 분자생물학 데이터베이스와 패스웨이, 온톨로지 등 필요한 학습 주제 목록은 점점 길어져만 갑니다. 이와 같은 시대적 요구에 부응하여 서울의대 정보의학실과 시스템 바이오 정보의학 국가핵심연구센터에서는 초보자도 접근할 수 있는 실용적인 유전체 데이터 분석의 전반적 지식을 예제중심으로 실습하고, 연구와 맞춤의료 및 산업응용을 촉진하기 위한 GDA (Genome Data Analysis) 웍샵을 개설했습니다. 금번은 2011년 첫 웍샵에 이은 두 번째 발걸음입니다. 범문사의 도움으로 2011년 웍샵자료가 단행본으로 발간되는 큰 성과를 얻었습니다. 부디 본 웍샵을 통해 실용적인 유전체 정보 분석의 역량을 강화하는 기회가 되시기를 기대하며 많은 관심과 참여를 부탁드립니다.

 

2012년 1월, 서울의대 정보의학실장  김 주 한
 

강좌 일정   

         강좌일정은 주최측의 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

DAY 1: Advanced Microarray Data Analysis & miRNAs

          강좌 I (2월 20일):

시간

  주  제

강 사

9:00 ~ 9:10

등  록

9:10 ~ 9:30

Brief review: Advanced Microarray Data Analysis & miRNAs

김주한 교수
(서울의대)

9:30 ~ 10:20

Gene Expression Analysis
- Differential Expression Analysis
- Clustering Analysis
- Classification Analysis

김주한 교수
(서울의대)

10:20 ~ 10:30

                             coffee break

10:30 ~ 11:20

Gene-set Approaches & Prognostic Subgroup Prediction
- Gene Set Database
- Gene Set Enrichment Analysis
- Prognostic Subgroup Prediction

조성범 박사
(국립보건연구원)

11:20 ~ 12:00

실습강좌 오리엔테이션 및 시연

12:00 ~ 13:00

                      중식 및 실습 컴퓨터 세팅

13:00 ~ 13:50

MiRNA Sequence & Functional Analysis
- Post-transcriptional Regulation Analysis
- miRNA Identification
- miRNA Target Prediction

김완규 교수
(이화여대)

13:50 ~ 14:10

                      실습실 이동 및 실습준비

14:10 ~ 15:30

실 습 I: Gene Expression Analysis
    t-test, SAM, ANOVA, FDR
     KNN, SOM, Graph-based Algorithms
     LDA, DTs, SVMs

나영지, 이수연s

15:30 ~ 15:40

                          휴식 및 질의응답

15:40 ~ 17:00

실 습 II: Gene-set Approaches &
    Prognostic Subgroup Prediction

    Gene Set Enrichment Analysis             
     Cox-PH, Log Rank Test

김도균, 서희원

17:00 ~ 17:10

                          휴식 및 질의응답

17:10 ~ 18:30

실 습  III: MiRNA Sequence & Functional
    Analysis

     miRNA target prediction
     Functional annotation
     GO Enrichment Analysis

이수연, 백수연

 

DAY 2: Next Generation Sequencing & Personal Genome Data
          Analysis

          강좌 II (2월 21일):

시간

  주  제

강 사

9:00 ~ 9:10

등  록

9:10 ~ 9:30

Brief review: Next Generation Sequencing & Personal Genome Data Analysis

김주한 교수
(서울의대)

9:30 ~ 10:20

NGS Platforms and Applications
Current NGS Platforms
- NGS Data Formats
- NGS Data Analysis Technologies
- NGS Applications

이환석 박사
(마크로젠)

10:20 ~ 10:30

                             coffee break

10:30 ~ 11:20

Exome Sequencing Analysis
- Exome Sequencing Data
- Exome Sequencing of Rare Disease
- Variant Analysis and Annotation

이종은 박사
(DNA Link)

11:20 ~ 12:00

실습강좌 오리엔테이션 및 시연

12:00 ~ 13:00

                     중식 및 실습 컴퓨터 세팅

13:00 ~ 13:50

Personal Genome Interpretation
- Phenotype Annotation
- Genetic Risk Prediction
- Healthcare Application

김지훈 박사
(서울의대)

13:50 ~ 14:10

                      실습실 이동 및 실습준비

14:10 ~ 15:30

실 습 I: NGS Platforms and Applications
     NGS Data Processing
     NGS Sequence Alignment
     NGS Visualization Tools

나영지, 윤선민

15:30 ~ 15:40

                           휴식 및 질의응답

15:40 ~ 17:00

실 습  II: Exome Sequencing Analysis
     SNP and Indel Identification
     Variant Analysis and Annotation

박찬희, 서희원

17:00 ~ 17:10

                          휴식 및 질의응답

17:10 ~ 18:30

실 습 III: Personal Genome Interpretation
     Personal Genome Reports with
     Promethease, 1000 genome analysis
     Pharmacogenomic Variant Annotation  

권창혁, 윤준희

 

DAY 3: Network Biology, Sequence, Pathway & Ontology Informatics

          강좌 III (2월 22일)

시간

  주  제

강 사

9:00 ~ 9:10

등  록

9:10 ~ 9:30

Brief review: Network Biology, Sequence, Pathway & Ontology Informatics

김주한 교수
(서울의대)

9:30 ~ 10:20

Motif and Regulatory Sequence Analysis
- Motif Analysis
- Genome Sequence Analysis

- Genome Browser

최선심 교수
(강원대)

10:20 ~ 10:30

                             coffee break

10:30 ~ 11:20

Molecular Pathway & Gene Ontology
- Pathway Database and Tools
- Gene Ontology Database and Tools
- Biological Literature and Text Mining

김양석 교수
(경희대)

11:20 ~ 12:00

실습강좌 오리엔테이션 및 시연

12:00 ~ 13:00

                     중식 및 실습 컴퓨터 세팅

13:00 ~ 13:50

Biological Network Analysis
- Characteristics of Biological Network
- Protein-protein Interaction Network Analysis
- Regulatory Network Analysis

이기영 교수
(아주대)

13:50 ~ 14:10

                      실습실 이동 및 실습준비

14:10 ~ 15:30

실 습 I: Motif and Regulatory Sequence
    Analysis

     TF Target Prediction
     Phylogenetic Analysis (ClustalW &
     TreeView)
     UCSC Genome Browser

정희준, 조용래

15:30 ~ 15:40

                           휴식 및 질의응답

15:40 ~ 17:00

실 습 II: Molecular Pathway & Gene
    Ontology

     Pathway, Gene Ontology Analysis
     BioLattice, David, Biological Text Mining

정희준, 백수연

17:00 ~ 17:10

                          휴식 및 질의응답

17:10 ~ 18:30

실 습 III: Biological Network Analysis
     Gene Regulatory Networks
     Biological Network Properties
     Network Visualization

한현욱, 윤선민

 

DAY 4: SNPs, GWAS & CNVs: Informatics for Variations

          강좌 IV (2월 23일):

시간

  주  제

강 사

9:00 ~ 9:10

등  록

9:10 ~ 9:30

Brief review: SNPs, GWAS & CNVs: Informatics for Variations

김주한 교수
(서울의대)

9:30 ~ 10:20

SNP Data Analysis
- Linkage Disequilibrium Analysis
- Haplotype Estimation
- LD Blocking, Tagging SNPs Selection

박지완 교수
(한림의대)

10:20 ~ 10:30

                             coffee break

10:30 ~ 11:20

GWAS Data Analysis
- Genotype & Haplotype
- Rare Variant Analysis
- Runs of Homozygosity (ROH)
- Regression-based Testing

이종극 교수
(울산의대)

11:20 ~ 12:00

실습강좌 오리엔테이션 및 시연

12:00 ~ 13:00

                     중식 및 실습 컴퓨터 세팅

13:00 ~ 13:50

CNV Data Analysis
- CNV in Diseases
- CNV Database  
- Data Processing
- Copy Number Detection

김봉조 박사
(국립보건연구원)

13:50 ~ 14:10

                       실습실 이동 및 실습준비

14:10 ~ 15:30

실 습 I: SNP Data Analysis
     Haplotype Estimation, LD Blocking

     dbSNP Database, PharmGKB

김도균, 윤준희

15:30 ~ 15:40

                          휴식 및 질의응답

15:40 ~ 17:00

실 습 II: GWAS Data Analysis
    GWAS Data Processing
     GWAS test with PLINK software

박찬희, 조용래

17:00 ~ 17:10

                          휴식 및 질의응답

17:10 ~ 18:30

실 습 III: CNV Data Analysis
    Identification of CNV Regions
     CNV Association Testing

김도균, 서희원

 

DAY 5: RNA-seq, Disease Genome, Meta-& Epigenome Data
          Analysis

          강좌 V (2월 24일)

시간

  주  제

강 사

9:00 ~ 9:10

등  록

9:10 ~ 9:30

Brief review: RNA-seq, Disease Genome, Meta-& Epigenome Data Analysis

김주한 교수
(서울의대)

9:30 ~ 10:20

RNA-Seq Whole Transcriptome Data Analysis
- Novel Transcript Discovery
- Alternative Splicing Identification

- RNA-editing Analysis

- Differentially Expressed Genes Identification

정제균 박사
(서울의대)

10:20 ~ 10:30

                             coffee break

10:30 ~ 11:20

Rare & Cancer Disease Genome Informatics  
- Identifying Genomic Rearrangement
- Gene Fusion Analysis
- Rare Disease Analysis

김남신 박사
(생명공학연구원
KOBIC)

11:20 ~ 12:00

실습강좌 오리엔테이션 및 시연

12:00 ~ 13:00

                     중식 및 실습 컴퓨터 세팅

13:00 ~ 13:50

Meta- & Epigenome  Data Analysis
- Comprehensive Analysis of
   Metagenomics Data
- Epigenetic Mechanisms
- DNA methylation Analysis
- Histone Modification Analysis

김 선 교수
(서울대)

13:50 ~ 14:10

                      실습실 이동 및 실습준비

14:10 ~ 15:30

실 습 I: RNA-Seq Whole Transcriptome
    Data Analysis

     Transcript Assembly
     RNA-Seq Gene Expression Analysis

이수연, 이수연s

15:30 ~ 15:40

                          휴식 및 질의응답

15:40 ~ 17:00

실 습 II: Rare & Cancer Disease Genome
    Informatics

     Identifying Genomic Rearrangement      
     Gene Fusion Analysis from RNA-seq
     Rare Disease Knowledgebase

이수연s, 백수연

17:00 ~ 17:10

                          휴식 및 질의응답

17:10 ~ 18:30

실 습 III: Meta- & Epigenome  Data Analysis
     DNA Management and Analysis for
     Metagenomes
     Epigenome Tools & Databases

한현욱, 윤선민

 

오시는 길

교육장소 | 서울의대 연건캠퍼스 6동 (구 보건대학원) 4층 강당

교      통 | 지하철 4호선 혜화역 3번 출구 이용