일 시 | 2012년 2월 20일(월)- 24일(금)
장 소 | 서울의대 연건캠퍼스 6동 (구 보건대학원) 4층 강당
주 관 | 서울의대 정보의학실, 시스템 바이오 정보의학 연구센터 (SBI-NCRC)
주 최 |
대한의료정보학회, 한국생물정보시스템생물학회
Genome Data Analysis
Workshop을 개최하며
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안녕하십니까?
차세대 시퀀싱 기술(NGS, Next Generation Sequencing)을 포함한 방대한 유전체 데이터는 대부분의 생명과학자나 의학자에게 다루기도 힘들 뿐 아니라 그 정보처리와 분석, 나아가 의미있는 해석은 참으로 어려운 작업이 되었습니다. 서열정보, 발현정보, 메타-에피지놈 정보, 정보표준 및 분자생물학 데이터베이스와 패스웨이, 온톨로지 등 필요한 학습 주제 목록은 점점 길어져만 갑니다. 이와 같은 시대적 요구에 부응하여 서울의대 정보의학실과
시스템 바이오 정보의학 국가핵심연구센터에서는 초보자도 접근할 수 있는 실용적인 유전체 데이터 분석의 전반적 지식을 예제중심으로 실습하고, 연구와 맞춤의료 및 산업응용을 촉진하기 위한 GDA (Genome Data Analysis) 웍샵을 개설했습니다. 금번은 2011년 첫 웍샵에 이은 두 번째 발걸음입니다. 범문사의 도움으로 2011년 웍샵자료가 단행본으로 발간되는 큰 성과를 얻었습니다. 부디 본 웍샵을 통해 실용적인 유전체 정보 분석의 역량을 강화하는 기회가 되시기를 기대하며 많은 관심과 참여를 부탁드립니다.
2012년
1월, 서울의대 정보의학실장 김 주 한
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강좌 일정
강좌일정은 주최측의 사정에 따라 변경될 수 있습니다.
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DAY 1: Advanced Microarray Data Analysis & miRNAs
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강좌 I (2월 20일):
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시간
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주 제
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강 사
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9:00 ~ 9:10
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등 록 |
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9:10 ~ 9:30
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Brief review: Advanced Microarray Data Analysis & miRNAs
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김주한 교수
(서울의대)
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9:30 ~ 10:20
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Gene Expression Analysis
- Differential Expression Analysis
- Clustering Analysis
- Classification Analysis
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김주한 교수
(서울의대)
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10:20 ~ 10:30
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coffee break
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10:30 ~ 11:20
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Gene-set Approaches & Prognostic Subgroup Prediction
- Gene Set Database
- Gene Set Enrichment Analysis
- Prognostic Subgroup Prediction
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조성범 박사
(국립보건연구원)
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11:20 ~ 12:00
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실습강좌 오리엔테이션 및 시연
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12:00 ~ 13:00
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중식 및 실습 컴퓨터 세팅
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13:00 ~ 13:50
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MiRNA Sequence & Functional Analysis
- Post-transcriptional Regulation Analysis
- miRNA Identification
- miRNA Target Prediction
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김완규 교수
(이화여대)
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13:50 ~ 14:10
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실습실 이동 및 실습준비
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14:10 ~ 15:30
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실 습 I: Gene Expression Analysis
t-test, SAM, ANOVA, FDR
KNN, SOM, Graph-based Algorithms
LDA, DTs, SVMs
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나영지, 이수연s
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15:30 ~ 15:40
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휴식 및 질의응답
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15:40 ~ 17:00
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실 습 II: Gene-set Approaches &
Prognostic Subgroup Prediction
Gene Set Enrichment Analysis
Cox-PH, Log Rank Test
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김도균, 서희원
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17:00 ~ 17:10
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휴식 및 질의응답
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17:10 ~ 18:30
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실 습 III: MiRNA Sequence & Functional
Analysis
miRNA target prediction
Functional annotation
GO Enrichment Analysis
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이수연, 백수연
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DAY 2: Next Generation Sequencing & Personal Genome Data
Analysis
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강좌 II (2월 21일):
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시간
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주 제
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강 사
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9:00 ~ 9:10
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등 록 |
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9:10 ~ 9:30
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Brief review: Next Generation Sequencing & Personal Genome Data Analysis
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김주한 교수
(서울의대)
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9:30 ~ 10:20
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NGS Platforms and Applications
Current NGS Platforms
- NGS Data Formats
- NGS Data Analysis Technologies
- NGS Applications
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이환석 박사
(마크로젠)
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10:20 ~ 10:30
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coffee break
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10:30 ~ 11:20
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Exome Sequencing Analysis
- Exome Sequencing Data
- Exome Sequencing of Rare Disease
- Variant Analysis and Annotation
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이종은 박사
(DNA Link)
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11:20 ~ 12:00
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실습강좌 오리엔테이션 및 시연
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12:00 ~ 13:00
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중식 및 실습 컴퓨터 세팅
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13:00 ~ 13:50
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Personal Genome Interpretation
- Phenotype Annotation
- Genetic Risk Prediction
- Healthcare Application
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김지훈 박사
(서울의대)
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13:50 ~ 14:10
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실습실 이동 및 실습준비
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14:10 ~ 15:30
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실 습 I: NGS Platforms and Applications
NGS Data Processing
NGS Sequence Alignment
NGS Visualization Tools
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나영지, 윤선민
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15:30 ~ 15:40
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휴식 및 질의응답
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15:40 ~ 17:00
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실 습 II: Exome Sequencing Analysis
SNP and Indel Identification
Variant Analysis and Annotation
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박찬희, 서희원
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17:00 ~ 17:10
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휴식 및 질의응답
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17:10 ~ 18:30
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실 습 III: Personal Genome Interpretation
Personal Genome Reports with
Promethease, 1000 genome analysis
Pharmacogenomic Variant Annotation
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권창혁, 윤준희
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DAY 3: Network Biology, Sequence, Pathway & Ontology Informatics
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강좌 III (2월 22일)
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시간
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주 제
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강 사
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9:00 ~ 9:10
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등 록 |
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9:10 ~ 9:30
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Brief review: Network Biology, Sequence, Pathway & Ontology Informatics
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김주한 교수
(서울의대)
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9:30 ~ 10:20
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Motif and Regulatory Sequence Analysis
- Motif Analysis
- Genome Sequence Analysis
- Genome Browser
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최선심 교수
(강원대)
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10:20 ~ 10:30
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coffee break
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10:30 ~ 11:20
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Molecular Pathway & Gene Ontology
- Pathway Database and Tools
- Gene Ontology Database and Tools
- Biological Literature and Text Mining
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김양석 교수
(경희대)
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11:20 ~ 12:00
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실습강좌 오리엔테이션 및 시연
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12:00 ~ 13:00
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중식 및 실습 컴퓨터 세팅
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13:00 ~ 13:50
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Biological Network Analysis
- Characteristics of Biological Network
- Protein-protein Interaction Network Analysis
- Regulatory Network Analysis
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이기영 교수
(아주대)
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13:50 ~ 14:10
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실습실 이동 및 실습준비
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14:10 ~ 15:30
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실 습 I: Motif and Regulatory Sequence
Analysis
TF Target Prediction
Phylogenetic Analysis (ClustalW &
TreeView)
UCSC Genome Browser
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정희준, 조용래
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15:30 ~ 15:40
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휴식 및 질의응답
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15:40 ~ 17:00
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실 습 II: Molecular Pathway & Gene
Ontology
Pathway, Gene Ontology Analysis
BioLattice, David, Biological Text Mining
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정희준, 백수연
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17:00 ~ 17:10
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휴식 및 질의응답
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17:10 ~ 18:30
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실 습 III: Biological Network Analysis
Gene Regulatory Networks
Biological Network Properties
Network Visualization
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한현욱, 윤선민
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DAY 4: SNPs, GWAS & CNVs: Informatics for Variations
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강좌 IV (2월 23일):
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시간
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주 제
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강 사
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9:00 ~ 9:10
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등 록 |
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9:10 ~ 9:30
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Brief review: SNPs, GWAS & CNVs: Informatics for Variations
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김주한 교수
(서울의대)
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9:30 ~ 10:20
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SNP Data Analysis
- Linkage Disequilibrium Analysis
- Haplotype Estimation
- LD Blocking, Tagging SNPs Selection
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박지완 교수
(한림의대)
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10:20 ~ 10:30
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coffee break
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10:30 ~ 11:20
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GWAS Data Analysis
- Genotype & Haplotype
- Rare Variant Analysis
- Runs of Homozygosity (ROH)
- Regression-based Testing
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이종극 교수
(울산의대)
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11:20 ~ 12:00
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실습강좌 오리엔테이션 및 시연
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12:00 ~ 13:00
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중식 및 실습 컴퓨터 세팅
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13:00 ~ 13:50
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CNV Data Analysis
- CNV in Diseases
- CNV Database
- Data Processing
- Copy Number Detection
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김봉조 박사
(국립보건연구원)
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13:50 ~ 14:10
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실습실 이동 및 실습준비
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14:10 ~ 15:30
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실 습 I: SNP Data Analysis
Haplotype Estimation, LD Blocking
dbSNP Database, PharmGKB
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김도균, 윤준희
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15:30 ~ 15:40
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휴식 및 질의응답
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15:40 ~ 17:00
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실 습 II: GWAS Data Analysis
GWAS Data Processing
GWAS test with PLINK software
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박찬희, 조용래
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17:00 ~ 17:10
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휴식 및 질의응답
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17:10 ~ 18:30
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실 습 III: CNV Data Analysis
Identification of CNV Regions
CNV Association Testing
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김도균, 서희원
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DAY 5: RNA-seq, Disease Genome, Meta-& Epigenome Data
Analysis
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강좌 V (2월 24일)
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시간
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주 제
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강 사
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9:00 ~ 9:10
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등 록 |
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9:10 ~ 9:30
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Brief review: RNA-seq, Disease Genome, Meta-& Epigenome Data Analysis
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김주한 교수
(서울의대)
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9:30 ~ 10:20
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RNA-Seq Whole Transcriptome Data Analysis
- Novel Transcript Discovery
- Alternative Splicing Identification
- RNA-editing Analysis
- Differentially Expressed Genes Identification
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정제균 박사
(서울의대)
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10:20 ~ 10:30
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coffee break
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10:30 ~ 11:20
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Rare & Cancer Disease Genome Informatics
- Identifying Genomic Rearrangement
- Gene Fusion Analysis
- Rare Disease Analysis
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김남신 박사
(생명공학연구원
KOBIC)
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11:20 ~ 12:00
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실습강좌 오리엔테이션 및 시연
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12:00 ~ 13:00
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중식 및 실습 컴퓨터 세팅
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13:00 ~ 13:50
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Meta- & Epigenome Data Analysis
- Comprehensive Analysis of
Metagenomics Data
- Epigenetic Mechanisms
- DNA methylation Analysis
- Histone Modification Analysis
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김 선 교수
(서울대)
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13:50 ~ 14:10
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실습실 이동 및 실습준비
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14:10 ~ 15:30
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실 습 I: RNA-Seq Whole Transcriptome
Data Analysis
Transcript Assembly
RNA-Seq Gene Expression Analysis
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이수연, 이수연s
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15:30 ~ 15:40
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휴식 및 질의응답
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15:40 ~ 17:00
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실 습 II: Rare & Cancer Disease Genome
Informatics
Identifying Genomic Rearrangement
Gene Fusion Analysis from RNA-seq
Rare Disease Knowledgebase
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이수연s, 백수연
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17:00 ~ 17:10
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휴식 및 질의응답
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17:10 ~ 18:30
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실 습 III: Meta- & Epigenome Data Analysis
DNA Management and Analysis for
Metagenomes
Epigenome Tools & Databases
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한현욱, 윤선민
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오시는 길
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교육장소 | 서울의대 연건캠퍼스 6동 (구 보건대학원) 4층 강당
교 통 | 지하철 4호선 혜화역 3번 출구 이용
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