서울대학교의과대학 정보의학실 제3회 정보의학 세미나
시스템 바이오 정보의학 국가핵심 연구센터 자료분석 웍샵

   R for Bioinformatics and Biomedicine

임상 의료정보와 유전체 데이터의 통합분석에서 올바른 통계학적 도구 사용의 중요성은 아무리 강조해도 지나치지 않습니다. 공개 소프트웨어인 R statistical package는 풍부한 통계분석 라이브러리와 자료처리를 위한 컴퓨터 프로그래밍 환경 및 수준 높은 그래프 그리기를 지원합니다. 서울의대 정보의학실에서는 바이오정보학과 의과학 분야에서 R의 활발한 보급을 위한 실습 웍샵을 마련했습니다. 본 교육과정이 실질적인 생명의과학 데이터와 유전체 데이터의 분석을 위한 R 활용의 기초가 되기를 기원합니다.

-  2012년 12월 서울의대 정보의학실장 김주한

일시 및 장소

일 시 : 20121227() ~ 28일(금), 오전 9시 ~ 오후 5시                   

장 소 : 서울대 의과대학 의학도서관 3층 전산실습실
주 최 : 서울대 시스템바이오정보의학 연구센터
주 관 : 서울의대 정보의학실
등 록 : 50명 제한, 이틀 강좌 등록비 100,000원, 중식 및 강의교재 제공

프로그램 (Day 1, 27일)

시 간

주 제 강 사
9:00 ~ 9:10

등  록

9:10 ~ 9:30 Introduction to R 김주한
9:30 ~ 10:40 Starting with R
- R Installation, workspace

- Data type
- Basic R functions
- Data type conversion
임재현, 서희원
10:50 ~ 12:00 Data manipulation with R
- Importing/exporting data (text, SPSS, excel <-> R)

- Missing values
- Data management: sorting, merging, reshaping
- Basic visualization
정제균, 임재현
12:00 ~ 13:10 중  식 
13:10 ~ 14:20

Statistical Analysis with Biomedical Data I
- Distributions

- Parametric tests

- Non-Parametric stats

손경아, 윤준희
14:30 ~ 15:40

Statistical Analysis with Biomedical Data II
- Correlation
- Regression
- ANOVA

손경아, 윤준희
15:50 ~ 17:00

Advanced R graphics
- Line Plots
- Bar charts
- Histograms
- Scatter plot
- etc

김도균, 서희원

프로그램 (Day 2, 28일)

시 간

주 제 강 사
9:10 ~ 9:30 Machine Learning Algorithms for Biomedical Informatics 김주한
9:30 ~ 10:40 Microarray Data Analysis I
-
Introduction to Microarray Data
- Normalization methods
이수연, 강병희
10:50 ~ 12:00 Microarray Data Analysis II
- Identifying DEG: t-test, SAM

- Volcano plot
- FDR
이수연, 백수연
12:00 ~ 13:10 중  식 
13:10 ~ 14:20

Classification using R
-
K-Nearest Neighbor
- Support Vector Machine

- Logistic regression
- Feature selection

김도균, 서희원
14:30~ 15:40

Evaluation and Validation
- Cross validation
- Train/validation/test set split
- Empirical p-value, permutation test
- Multiple testing
- Mean squared error rate

정제균, 백수연
15:50 ~ 17:00

Case study: association of BRCA1 and BRCA2 mutations with survival in ovarian cancer (JAMA 2011)
- DEG extraction from RNA-seq data using TRAPR
- Clustering (K-means, hierarchical)
- Correlation analysis between methylation and expression data
- Survival analysis
- JAMA_Expression.txt [Download]

손경아, 임재현


장 소 : 서울대 의과대학 의학도서관 3층 전산실습실
교 통
: 지하철 4호선 혜화역 3번 출구 50m
주차장
: 차를 가져오시는 분들은, 병원 주차장에 주차를 하시면 되고, 종일 주차권 (1,500원)을 판매하오니, 필요하신 분은 구입하시면 됩니다.